Në kaptinën e historikut Juniku paraqet një vendbanim të lashtë ilir. Emërtimi “Judiko” e gjejmë të Ptolemeu (87-150 ), në veprën e tij “Gjeographia”, që e mbështesin edhe shumë historian, arkeolog, gjeograf etj. Emërtimi i këtij fshati, rrëzë Alpeve Shqiptare rrjedhë nga fjala latine:
Judico- avi, atum, are – që do të thotë” me gjaku” .Junetio-onis – që do të thotë “ bashkim, lidhje”.
Unus, a unum – që do të thotë “ vend i jashtëzakonshëm, i veçantë, i pashoq”.
Gjatë viteve 1918 – 1924 Juniku ka qenë Zonë Nutrale – Qeveria e Kuvendit të Junikut ( e mbrojtur nga Liga e Kombeve ).
Në Vitet 1941 – 1945 Juniku ka qenë Komunë në Prefekturën e Pejës, ndërsa gjatë viteve 1945‐1960 Juniku ekziston si Komunë. Më 22 korrik 2005, nënshkruhet Urdhëresa Administrative e UNMIK- ut Nr.2005/11 për themelimin e pesë Pilot Njësive Komunale përfshirë edhe Junikun. Ndërsa certifikohet si Komunë me 13 Gusht 2008. Trashëgimia kulturore e Junikut lidhet shumë me zhvillimin historik të tij. Dëshmi të kësaj janë materialet arkeologjike të zbuluara tek vendbanimi ilir i quajtur “Gradina”, vendbanim ky që ndodhet në gryken e Erenikut, në grykën e majës së Gjeravicës, gjurmë të cilit ekzistojnë edhe sot. Në periudhën e feudalizmit, Juniku paraqitet si një qendër e rëndësishme e pazarit. Në atë periudhë ndërtohet Xhamia e Qokut dhe xhamia në lagjen Tregovishtë që edhe sot paraqesin objekte me vlera të rëndësishme kulturo-historike.
