Komuna e Malishevës ka një sipërfaqe prej 306.3 km2. Ajo kufizohet: në veri me komunën e Klinës dhe të Drenasit, në lindje me komunën e Lipjanit dhe të Therandës, në jug me komunën e Therandës dhe të Rahovecit, dhe në perëndim me komunën e Rahovecit dhe të Klinës. Qendra komunale e Malishevës, si njësi administrative territoriale, përbëhet nga 39 njësi kadastrale dhe 44 vendbanime, përfshirë këtu edhe vetë qendrën komunale.
