Zhvillimi urban i Pejës, ka kaluar nëpër periudha të ndryshme historike, duke filluar nga kohët më të hershme gjë që dëshmohet nga trajtat e thirrjeve. Në literaturën e deritanishme, në lidhje me emërtimin e Pejës ekzistonin disa periudha të emërtimeve; ajo antike dhe ajo e mëvonshme.
Emërtimin “Siparantum” e gjejmë të Ptolemeu (87-150), në veprën e tij “Gheographia”, që mbështesin edhe shumë historian, arkeolog, gjeograf,publicist etj. Siparantum, sipas burimeve arkeologjike-antike ishte në rang të “Muniupiumit” (qytetit), për ndryshe lokaliteti i dytë me rendësi në territorin e Kosovës, pas Ulpianës. Procopi historian bizantin me (565), jep pëshkrimin përlokalitetin e shënuar si “Pentza” që zëvendëson emërtimin si Siparantum e që më vonë merr trajtën “Pek-Pekia-Peja”.
Territori i Pejës ka qenë gjatë historisë së vet, se pari pjesë e Dardanisë Ilire, pastaj në kuadër të Romës, Bizantit, Mesjetë e Serbisë, e më vonë e perandorisë Turke. Për historin antike të Pejës, rëndësi të madhe ka pasur vendbanimi antik në lokalitetin “Gradina”, që padyshim paraqet vazhdimsinë e vendbanimit të mëparshëm Dardan. është zbuluar edhe një numër objektesh arkeologjike që na shtynë të konstatojmë se këtu duhet të ketë qenë një qendër administrative municipiale e tërë Rrafshit të Dukagjinit.
Peja si qytet përmendet që nga viti 1202, gjatë periudhës së feudalizmit të zhvilluar, kurse në kartën e Stevan Prvovençanit rreth vitit 1215, përmendet si fshat në rrefshin e Hvosnos. Kah fundi i shek. XIII, përmendet si “Pek” dhe “Pek arhiepiskupova”. Në shek. XIV Peja përmendet nga Raguzanet dhe Kotorasit që shkonin për të tregëtuar në pejë “in Pecho”, kurse në vitin 1378 përmendet karvani “in novam montem Pech et Prisren”. Të dhënat historike rreshtojnë se Peja me rrethinë pas betejës së Kosovës 1389 e deri me 1462 administrohet njëherë nga Balshajt e pastaj nga Dukagjinët.
Pas betejës së Kosovës (1389), filloi depërtimi turk në Ballkan. Peja deri më 1462, qeverisej nga Leka III Dukagjini i cili ishte lesak i sulltanit dhe kishte marrë pjesë edhe në betejën e Kosovës të pushtuar në kohën e Sulltan Mehmetit II, me 26.IX.1462 me ç’rast u formua “Sanxhaku i Dukagjinit”.
Në gjysmën e dytë të shek. XVI, Peja numëron 142 shtepi të kontensionit islam dhe vetëm 15 shtepi të përkatësisë fetare të krishterëve.
Islamizimi u përqafua prej një pjese të aristrokracisë shqiptare për të ruajtur privilegjet e veta klasore. Mahmut Pash Dukagjini, me tu berë musliman ishte emërua për Sanxhakbe të Sanxhakut të Dukagjinit, prej të cilit edhe u krijua dega e re e Dukagjinasve musliman me emërin Mahmut Begollajt e Pejës. Gjatë shekullit XVII, Peja vazhdimisht zhvillohej dhe duke i krahasuar me gjendjen e një shekulli më parë, qyteti i pejës u rrit nme 600 shtepi dhe 130 fshatra dhe përjetoi një zhvillim të hovshëm të zejtarisë dhe tregtisë.
Gjatë shek. XVII, ndodhën edhe trazirat dhe luftërat austro-osmane që e përfshinë edhe territorin e Pejës (1683-1690). Këtë kohë e karaktirizon lufta në mes Begollajve të Pejës, Çaushollajve dhe Bushatlijve për sundimin e Shkodrës që vazhdoi gati gjysem shekulli. Gjatë viteve 1782-1784, epidemia (kolera) perfshiu edhe Pejën, e cila shkaktoi shumë viktima. Ndersa në vitin 1835 mori zjarrë kryengritja e përgjithshme që përfshiu edhe Pejën. Mirpo, Turqia, ia doli që ta shunë kryengritjën shqiptare, në këtë situatë pushtuesi turk hyri në periudhën e tanzimatit dhe reformave. Në këtë kohë qyteti i Pejës numronte 12.977 banorë dhe 193 fshatra, kurse pazari i qytetit (çarshia) kishte 550 dyqane të regjistruara. Po në këtë kohë qyteti kishte hyrë në rrugën e një zhvillimi të dukshëm shoqroro-ekonomik. Krijimi i një rrjeti të gjërë dyqanesh e punimesh, marrëdhëniet ekonomike me botën e jashtme e kishin kthyer qytetin në një qendër të rëndësishme. Qyteti i Pejës në këtë kohë ishte një nga qytetet më të pasura të Rrafshit të Dukagjinit.
Nga pikpamja etnike qyteti i Pejës ishte i banuar me popullsi shqiptare e cila përbënte pjesën dërmuese të banorve të saj me kulturë, gjuhë, traditë dhe zakone të veta të lashta. Në Pejë në pallatin e Ismet Pashës dukej edhe bibloteka turko-franqeze prej vitit 1836. Peja më 1881-1912 bëhet qendër e sanxhakut të Pejës, kurse mytesarif u emrua Ali Pashë Gucia. Në këtë kohë dokumentat e shumëta tregonin shkallën e organizimit të lëvizjes kombtare shqiptare në periudhën e Lidhjes Shqipetare të Prizrenit në qytetin e Pejës.
Historia e Pejës në fund të shek.XIX ,është e lidhur ngusht me mbajtjen e Kuvendit të Pejës. Duke qenë së rreziku i copëtimit të tokave shqiptare po rritej, rrethet patriotike shqiptare shtruan si detyrë krijimin e një organizate të re, që të vihej në krye të Levizjës Kombëtare. Në krye të lëvizjes u vu Haxhi Zeka, një nga udhëheqsit më të shquar të Lëvizjes Kombëtare në Vilajetin e Kosoves dhe në mbarë Shqipërinë. Për këtë qellimë në vitin 1899 në Pejë u mblodh një Kuvend, ku moren pjesë delegat nga gjithë Kosova. Kuvendi formoj një Besëlidhje, që u quajt “Besa-Besë” ose Lidhja e Pejës. Besëlidhja e re udhëheqej nga atdhetari Haxhi Zeka. Lidhja e Pejës i kërkoj Sulltanit që tokat shqiptare të drejtoheshin nga shqiptarët, dhe në shkolla e në zyra të flitej gjuha shqipe. Perandorija Osmane, e frikësuar, dërgoj ushtri të mëdha dhe e shpërndau.
Lidhjen e Pejës, me ç’rast, vrau edhe shumë patriotë shqiptar, midis tyre edhe udhëheqsin Haxhi Zeka me 1902.Perpjekjet e popullit shqipëtarë për çlirim vazhduan edhe më vonë. Në këto rrethana qyteti i Pejës pas lufterave Ballkanike u pushtua nga Serbija dhe Mali i Zi, me ç’rast, populli shqipëtarë i’u nënshtrua gjenocidit, shkombëtarizmit dhe asimilimit. Me 1913 në rrethinat e Pejës dhe të Gjakoves, u pushkatuan 400 banorë që refuzuan të ndërrojnë fenë e tyre Myslimane, ose Katolike dhe kombësin e tyre shqiptare. Shumë prej këtyre nuk pranuan të ndërronin fenë, kështu që, në mënyrë më tragjike e humbnin jetën mbi stufen e skuqur.
