Peja, në të vërtetë, përbënë një qendër të vjetër banimi.
Peja si vendbanim daton që nga kohërat më të hershme Ilire, dhe ishte qyteti më i rëndësishëm i Dardanisë Antike. Në këtë lokalitet është zbuluar një numër objektesh arkeologjike,që na bëjnë edhe më bindës se këtu duhet të ketë qenë një qendër administrative municipale e tërë rrafshit të Dukagjinit…
Peja në kohën antike dhe në mesjetë deri në shek XV shtrihej pikërisht në fushë duke filluar nga arat e quajtura,,Gradinë”, ku janë gërmadhat e Pejës antike, d.m.th. shtrihej nga tyrbja e,,Sari Salltëkut” ku tani gjendet fabrika e baterive, në Lindje, e deri te stacioni hekurudhor më saktë deri te kalaja, në Perëndim.
Pejën gjatë historisë e hasim me emra të ndryshëm si: në kohën antike Iliro-Romake është quajtur Siparantum, kurse gjatë mesjetës quhej: Pech (Pekë,P(j)ekë)), Peka, Pentza dhe Forno, Peja, e cila në dokumentet latine figuron në formë Pechi (1202), me sa dihet ky është dokumenti me i vjetër i ruajtur në atë kohë.
Në atë kohë në Pejë ishte e zhvilluar tregtia. Aty ekzistonte Kolonia e Dubrovnikasve.
Peja si Siparant Dardan përmendet në hartën:,,Gjeografia” e Ptolemeut në shekullin III-IV (nën sundimin e romakëve) civilizimi i të cilit arrin shkallën më të lartë të lulëzimit, dhe ka pasur statusin e Municipiumit. Peja në atë periudhë historike bëhet një nga qytetet kryesore të Dardanisë pas Ulpianës (Prishtina e sotme).
Peja me rrethinë pas betejës së Kosovës (1389) e deri më 1462 administrohej njëherë nga Balshajt (1378) e pastaj nga Dukagjinasit… Historia e Pejës është e lidhur ngushtë edhe me familjen e Dukagjinasve.Leka dhe Pali e qeverisnin vendin bashkërisht. Në kohen e luftës të Gjergj Kastriotit kundër perandorisë Osmane,deri me 1462 me këtë qytet sundonte Lekë Dukagjini III.. Për këtë nuk është e pabazë që lugina e Drinit të Bardhë të quhet sot e kësaj dite, Rrafshi i Dukagjinit. Peja,ndërkaq gjendej për disa dekada deri në dyzetëvjetshin e shek. XVI,në suazën e Sanxhakut të Shkodrës.
Është interesant të përcillet ndërrimi i influencave të ndryshme etno- kulturore në vendbanimin e Pejës, prej godinave Dardane, romake, bizantine, sllave, dhe turko-orientale.
Kështu, me të gjitha vlerat kulturore popullore shqiptare (arkitektura, skulptura, doket dhe zakonet dardane) të trashëguara nga antika, bizanti, madje edhe mesjeta, që e gjetën Osmanët, kohë pas kohe e plotësuan me ndërtime të reja. Ardhja e turqve solli një influencë shumë të fortë të kulturës osmane-islame në jetën shpirtërore dhe kulturën materiale të kësaj treve. Në këtë pikëpamje janë karakteristike: kompleksi i patrikanës së Pejës, kullat e shekujve XII-XIX, sarajet e Pejës, xhamitë, teqet, mesxhidet, varrezat, tyrbet, mullinjtë, hanet, sahatkullat, urat, shatërvanët, krojet publike (çesmet), kainaket, hamamet (banjot publike) etj
Peja gjatë shekujve ishte qendër ekonomike – kulturore, e në mbarim të shek XIX u bë edhe qendër e Rilindjes Kombëtare në krye me Haxhi Zekën, në luftë kundër pushtuesit turk, për të fituar pavarësinë. Peja me 29 tetor 1912, u çlirua nga pushtuesit turk, po në atë datë u pushtua nga malazezët. Në nëntor të 1915, ra nën sundimin Austro-Hungarez.
Me 1919 ra nën okupimin e mbretërisë Serbe-Kroate-Sllovene gjer në vitin 1941 kur ra nën sundimin Italian dhe pas dy viteve në vitin 1943 ishte nën administrimin e regjimit të nazi-fashizmit gjerman. Në vitin 1945 ishte nën sundimin e ish Jugosllavisë ndërsa pas intervenimit të NATO-ës në vitin 1999, të përkrahura nga populli i Kosovës , me 16. Qershor 1999 arrihet çlirimi .
Tani komuna e Pejës është njësi territoriale administrative, në të cilën qytetarët realizojnë vetëqeverisjen e tyre, në pajtim me dispozitat e Rregullores për Vetëqeverisje Lokale të Kosovës nr. 2007/30.
